新品发布 || SynEcoSys单细胞数据库亮相“第十一届江苏省生物信息学学术会议”

发布时间：2021-12-06 10:18:34  

2021年12月4-5日，“第十一届江苏省生物信息学学术会议”在南京顺利召开。本次会议中，新格元重磅发布了全新打造的单细胞数据挖掘平台--SynEcoSys^®单细胞数据库，加速实现单细胞技术的临床应用及数据的深入挖掘。

活动现场，陈润生院士，魏冬青教授，孙啸教授，訾晓渊博士，张龙先生与全体参会代表一起共同见证了SynEcoSys^®单细胞数据库的发布，并且通过现场的实操展示，对数据库的运行方式及功能进行了全面深入的介绍。大家纷纷表示对新格元创新成果的认可，期待未来新格元在单细胞测序领域行稳致远。

SynEcoSys^®单细胞数据库是新格元基于公共数据，整合自身单细胞数据处理与分析经验，潜心打造的一款单细胞数据挖掘平台，也是全球首家商业化临床单细胞数据库

SynEcoSys标准数据集

数据集可比性高

SynEcoSys^®已覆盖53种器官89种疾病数据集，并每周收录最新发表的高质量单细胞数据。新格元生信与数据中心团队对公共数据进行标准化重分析之后上传至SynEcoSys^®数据库，对细胞图谱进行注释层级细分和统一细胞类型命名，注释结果经数据解读组人工审核，消除不同研究数据之间的偏差，进而保障海量单细胞数据集具备相互间的可比性。基于此，在新格元SynEcoSys^®数据库中可以查看任意基因和细胞类型在组织和疾病类型中的分布情况。

从数据集到临床知识库

现阶段，现有公共和商业单细胞数据库的一大共同痛点是收录的样本缺乏对应的临床信息，使得数据利用停留在科研探索的范围之内，难以有效转向临床应用。新格元在SynEcoSys^®数据库中同时收录的细胞数据对应的临床信息，每个样本带有对应的临床病理和病人治疗信息，建立起单细胞数据集与临床转化之间的桥梁。

单细胞肿瘤核心数据集(Core datasets)

新格元生信与数据中心团队重点整理了肺癌、胃癌、肝癌、肾癌和肠道癌五大热门癌种的核心数据集。对于每个癌种，全面收录不同分期、分型、治疗手段、治疗反应等临床数据。对于多来源数据进行批次处理和整合分析，并统一注释层级和命名规则。Core datasets针对性地解决单细胞数据挖掘痛点问题，即，整合了肿瘤单细胞数据集的异质性。直接比较多个研究来源的数据，精细刻画肿瘤微环境中免疫细胞亚型在不同临床病人中的比例和功能状态差异。

CeleViz数据可视化平台

引领我们探索的是单细胞测序海量数据，打开缤纷单细胞世界的是可视化艺术。SynEcoSys^®内置CeleViz数据可视化平台，可自由按照细胞类型、样本分组等临床信息选择不同色系可视化细胞图谱、热图与小提琴图等。可直观可视化细胞或基因在单细胞数据中的表现。

可视化艺术离不开灵活的统计框架。CeleViz数据可视化平台支持细胞类型在不同样本和不同样本分组中的占比情况统计作图。同时支持任意两个细胞群体间差异基因与通路富集分析，清晰展示分析对象间在通路功能层面上的差异，且可以将差异基因自定义为基因集存储和可视化。

CeleCloud自动注释与分析平台

传统的单细胞数据分析依赖Linux命令行工具，让熟悉界面操作系统的临床科研人员重新学习一个新的操作系统需要较高的时间和人力成本。SynEcoSys^®内置了CeleCloud自动数据分析平台，从表达矩阵文件上传到细胞亚群注释，一步完成单细胞测序数据的关键分析步骤。CeleCloud对各项分析参数给出最佳推荐值，支持自定义调整，所有分析参数均可复现。

此外，CeleCloud配备了新格元独家自动注释算法，可通过单细胞转录相似性和经典细胞类型Marker基因表达两种方法对分群结果进行自动注释。自动注释算法已经过2000+单细胞的项目分析训练，注释结果准确可靠，注释细胞类型也更加全面。

接下来新格元将持续在单细胞数据平台方面投入力量，完善功能，提升数据丰富度，为客户提供一站式易操作的单细胞数据平台，与临床科研工作者一起探寻单细胞技术临床应用之路。