单细胞测序技术以前所未有的精确性揭示了单个细胞的分子状态。然而,目前的单细胞测序方法提供的是某一时间点的单个细胞中基因表达信息,就像是一张JPG的图片信息,无法准确提供转录本RNA在时间上的动态变化,仅能通过生信分析方法间接预测细胞中基因表达的变化趋势,如RNA Velocity。
动态信息的获得只能通过“预测”吗?
当然不是!新格元推出DynaSeqTM海量单细胞转录动态监测试剂盒,通过整合代谢RNA标记、生化核苷转化及单细胞测序技术,区分单细胞中的“新”与“旧”RNA进行单细胞转录动力监测。将JPG图片变成GIF动图,DynaSeqTM实现单细胞层面大规模动态监测,真实动态变化尽在掌握!
打破高通量单细胞并行代谢标记瓶颈
与传统Bulk层面进行RNA代谢标记评估细胞中RNA的合成及降解相关的动力学研究不同,新格元DynaSeqTM采用的是基于自主开发的高通量微孔芯片技术,操作简单、可对细胞悬液进行高效标记并完成碱基转换,在不干扰RNA转录或加工的情况下,将分辨率上升至高通量单细胞水平,实现对海量单细胞的转录动态变化进行追踪监测。
整合分析表明DynaSeqTM的标记和碱基转换不影响单细胞层面细胞分群结果。
(Lung_treated:DynaSeqTM(通过S4U标记2h及碱基转换);Lung_untreated:单细胞转录组对照处理)
实现虚拟到真实的多维度时间动态监测
DynaSeqTM技术不仅能够在单细胞层面检测到数千个基因的数量,同时检测到RNA转录本的“新”及“旧”,在丰富多维的单细胞测序信息的同时加上了时间的维度,实现高通量的RNA转录动态监测。
小鼠肺样本进行处理,标记2h后进行单细胞实验。
左图(A)展示了在不同细胞亚群的RNA转录活跃度,
右图(B)在细胞及基因层面发现不同细胞亚群或基因其转录活跃状态显著差异,获得新生RNA的比例。
海量单细胞动态监测产品在肿瘤免疫研究、神经发育分化及药物筛选等方面实现更多动态监测场景。包括评估单细胞层面新生RNA水平和RNA合成率、监测RNA的降解速率、解析单细胞转录组的动态追踪及识别基因的直接转录靶点等。
正如新格元在此前推出的一系列单细胞整体解决方案,新格元持续致力于为广大的科研、临床工作者提供完整而高度整合的单细胞整体解决方案。除即将上线的DynaSeqTM海量单细胞动态监测试剂产品外,还配套提供了相应的Singleron Matrix®单细胞系统仪器、CeleScopeTM开源分析软件等。所有产品及方案为工作流程中的各环节提供了强有力的支持,助力更多客户实现单细胞突破。
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