新品发布|| CLindex®：新格元单细胞多样同测解决方案
发布时间：2021-08-24 17:21:06
基于高通量测序技术的单细胞技术，使得我们能够在单个细胞水平解析多细胞生物发生发展规律。十余年来，通量与精度的提高一直是海量单细胞技术发展的内在趋势。通量者，适用物种范围扩大、单细胞研究中入组样本规模上升、单个研究的细胞数量增加；精度者，所获得的生物信息越来越丰富。目前主流的单细胞技术工作模式是将细胞悬液加入到微流控系统中，实现单个细胞的分离。在此模式之下，一个微流控系统往往只能处理一个组织来源的细胞悬液。如何进一步扩展单细胞测序技术，以适应其日臻广泛的基础医学与临床应用需求？
我们知道，海量单细胞技术和核心概念之一是：加标签。用Barcode标记分离后的细胞，用UMI(Unique Molecular Identifier)标记mRNA。为什么我们不把标签加到细胞膜表面上，以区分不同组织来源的细胞呢？
对，这件事我们做了！
拥有灵活的单细胞系统，新格元推出基于化学标记的单细胞多样同测试剂盒:CLindex® Sample Multiplexing Kit，最高可实现一次实验16个样本的标记混合，搭配GEXSCOPE®高密度芯片最高可捕获100,000个细胞，从而精细刻画生物发育和疾病中的细胞异质性、鉴定稀有细胞亚型和状态、验证新的biomarker。
此前商业化的单细胞多样本标记技术多采用基于抗原抗体结合原理，该方法在混样前经过抗体孵育，依赖标签抗体与细胞表面特异性抗原的结合，对于细胞类型有较为明显的限制。新格元CLindex®技术基于化学基团标记，对不同物种的细胞具有良好的兼容性。且无需根据不同的标签来控制标记孵育温度。
CLindex®原理图
从此，单细胞多样本标记一个是CLindex® ，一个是Others。
结合新格元单细胞系统，CLindex® 已经拥有样本制备到数据分析的完整流程：
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利用CLindex® 标记不同样本的细胞，使其携带特异的Sample index信息，混合后利用GEXSCOPE® 微流控芯片捕获单细胞。 -
细胞裂解后， GEXSCOPE®分子标签磁珠通过捕获核酸末尾的poly-A，使细胞内mRNA和Sample index被加上相同的Cell Barcode。 -
逆转录成cDNA之后，分别进行样本标签文库及单细胞转录组文库的构建，上机测序。 -
得到下机数据，用开源软件CeleScope®进行样本拆分，定量后得到各样本的单细胞表达量信息。
CLindex® 流程图
那肯定要用单细胞CNS级别的数据来秀一下CLindex® 的实力表现。
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标记效率高
我们使用4种不同标签分别标记4种细胞系（NB4、THP1、U937、CCRF），等比例混合后进行双文库建库测序。共捕获到4967个细胞，初步聚类显示各标签对应细胞占比没有差别，总有效标记效率达高达97%。
注：NB4（人急性早幼粒细胞白血病细胞）THP1（人外周血的单核细胞系）U937（人组织细胞淋巴瘤细胞）CCRF（人急性淋巴白血病细胞 ）
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标记不影响细胞分群
同样是上述4种细胞系，在对细胞系标记的同时，我们也做了一组未标记的Control组，在绘制的UMAP图谱上可以明显看出，标记组与control组能很好地重叠在一起。
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无细胞类型偏好
使用4种的CLindex®标签分别标记小鼠骨髓样本，与未标记的对照组所注释到的细胞类型一样，每种CLindex™标签对应的细胞类型比例一致。同时，也可以看出CLindex®对免疫细胞和非免疫细胞没有偏好性。
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跨物种样本标记
大自然的魅力之一就是：在绚丽多彩的多样性的背后却有着惊人的保守性。这一次被CLindex®捕捉到的保守性是可以用化学基团标记的细胞表面靶点。我们搭载新格元高密度微流控芯片，用16个Clindex标签分别对小鼠睾丸组织和人源CCRF细胞系进行样本标记。在捕获40,000个有效细胞的通量下，不管是小鼠睾丸组织还是人源细胞系，标记后捕获细胞数基本一致。
为了更细致表现每个标签对不同物种标记的区分度，我们将16个标签对应的图谱铺展开来，可以看出CLindex1,2,3,4,5,6,7,8对一个细胞系是一个大的亚群，而CLindex9,10,11,12,13,14,15,16对应的小鼠睾丸组织是另一个大的亚群。这种物种间的区分度和物种内的一致性，反映了16个CLindex®标签广谱的适应性。
CLindex®作为一款试剂盒产品，总结其优势：
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一次最多可进行16个样本标记 -
标记流程高效快捷，15min即可完成细胞标记流程 -
试剂盒组分全面，包含标记和建库试剂 -
标记过程对细胞活性无影响 -
标记效率高，标记过程不影响细胞分群与基因表达 -
CLindex®标记没有物种的限制，适用于人、鼠等多物种类型 -
具有广泛的适用性，对多种细胞类型均可无差别标记 -
联合GEXSCOPE®单细胞转录组试剂盒可显著提升样本通量
通过细胞系和跨物种的数据，我们看出CLindex®在提高样本通量的情况下，通过双重标记实现多样同测，使得单细胞研究的细胞数通量朝上下两个范围进行扩展。这一扩展，也使得单细胞技术在基础医学和临床应用方面得到拓展。
更多技术细节和产品参数，让我们相约2021年6月22日（下周二）下午2-3点的新格元《识微讲堂》：
