新品上市 | FocuSCOPE®单细胞EB病毒基因检测试剂盒

发布时间：2021-12-16 13:33:27  

基于富有生命力的单细胞系统，新格元于2021年9月30日推出了第一款单细胞靶向基因检测试剂盒，见 新品上市| FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变检测试剂盒。单细胞靶向产品的优势在于提高目标区域的检出，这在病毒序列的检出方面体现更加明显。今天，让我们一起解锁新格元单细胞EB病毒基因检测解决方案。

EBV与人类健康

人类EB V（Epstein-Barr virus，EBV）是疱疹病毒科嗜淋巴细胞病毒属的成员，人群普遍易感，超过90%的正常人感染过 EBV，多为无症状携带 。在机体免疫功能下降时，潜伏的EBV可以被再激活，引起临床疾病。EB病毒可侵染不同细胞类型（如B细胞、NK/T细胞、上皮细胞等），与多种人类实体肿瘤相关，其中包括不同类型的B细胞淋巴瘤(霍奇金氏病、伯基特氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤)、癌症(鼻咽癌、胃癌)及其他恶性肿瘤。

Table 1 - EBV-associated malignancies in immunocompetent hosts and corresponding EBV association frequency and latent gene expression pattern.

EB病毒的感染周期包含潜伏期和裂解期两个阶段，其中潜伏期包含三种潜伏类型，Latency Type Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ。不同EB病毒相关疾病，EB病毒会稳定处于某种潜伏类型，当受到特定刺激后，病毒裂解相关基因表达，病毒由潜伏期进入裂解期。

传统EBV检测常用抗体检测，RNAScope，PCR技术等，然而单细胞层次上的靶向测序目前还相对空白。为了进行单细胞水平的靶向测序，提高EBV的检出率，新格元开发了FocuSCOPE^®Single Cell mRNA × EBV Library Kit，该试剂盒主要针对EBNA1、EBNA2、EBER1、EBER2、ZEBRA等设计捕获靶点。我们知道，EBER1/EBER2（EBERs）被认为是EBV潜伏感染的标志物。FocuSCOPE™单细胞EB病毒基因检测试剂盒可以在提高EB病毒检测分辨率的基础上给EB病毒基础研究提供单细胞水平的研究工具。

FocuSCOPE^®单细胞EB病毒基因检测试剂盒针对EB病毒基因转录本进行靶向捕获和单细胞转录组同步检测，在单细胞层面检测EB病毒基因表达信息；为临床及科研有关EB病毒基因与宿主基因调控研究、EB病毒成瘤机制探究等方面提供新格元方案。

新格元单细胞EB病毒基因检测解决方案

FocuSCOPE^®单细胞EB病毒基因检测试剂盒高效整合了单细胞转录组和EB病毒基因富集，具体包括单细胞捕获、细胞裂解、分子标签标记、捕获细胞mRNA 、全转录组和EB病毒基因序列富集以及对应文库的构建。具体地，使用EBV Barcoding Beads 捕获EB病毒基因转录本并通过RT-PCR获得cDNA,再以cDNA为模板，EBV Barcoding Beads 特异富集引物对EB病毒基因序列进行富集，完成EB病毒基因富集文库构建。

作为一站式解决方案的供应商，新版本的新格元开源单细胞分析软件Celescope(https://github.com/singleron-RD/CeleScope)随试剂盒的推出，新增了EBV试剂盒下机数据的生信分析流程。

应用场景

基于新格元FocuSCOPE^®单细胞EB病毒基因检测试剂盒可以在细胞异质性和EB相关基因表达方面进一步解析EB病毒感染机制。其优势如下：

• 提升EB病毒相关基因的检测水平
• 同等测序通量可获得更多感兴趣EBV病毒基因位点信息
• 获得EB病毒位点具体细胞类型分布
• 针对感兴趣的细胞类型进行系统性研究（代谢通路研究，细胞比例研究等）

结合新格元从细胞裂解到数据分析的单细胞EB病毒基因检测解决方案，可以应用到如下几方面：

• 不同供体和细胞类型对EB病毒感染的敏感性
• EBV 感染疾病的感染阶段分期
• 以 EBV 作为生物标记物诊断和评估肿瘤扩散及治疗监测
• 器官移植和免疫缺陷疾病患者的 EBV 相关疾病的监测等。

评测示例

在测试实验中，我们选择RAJI和3T3两个细胞系作为测试样本，其中RAJI含EB病毒感染，3T3不含EB病毒感染。使用FocuSCOPE^® Single Cell mRNA × EBV Library Kit完成试验后对样本进行聚类分。

细胞图谱上可以看出细胞系RAJI中的EBV信息可以被检测出来，不同的细胞系可以被清楚的分开，并能清楚检测出EBV感染的细胞亚群。

除了在细胞层面解析EB病毒感染特性，在表达量层面也可以进一步解析感染机制。在本次实验中，EBV潜伏感染的标志物EBERs(EBV‑encoded small RNAs)也被检出，其表达量在细胞图谱上展示如下：

随着单细胞靶向技术出现，传统技术测不到的信息也可以通过靶向的方法来准确定量。新格元FocuSCOPE^®单细胞EB病毒基因检测试剂盒的应用，在提高EB病毒基因检测分辨率的基础上为EB病毒基础研究、临床诊断与治疗提供单细胞水平的研究手段。