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重磅升级 | SynEcoSys单细胞数据库惊喜升级
发布时间:2022-08-09 17:07:02  

SynEcoSys®单细胞数据库内置标准化单细胞数据集,并配置CeleViz®数据可视化和CeleLens(Lite)自动分析模块,为研究人员提供了界面版一站式的单细胞数据挖掘平台。

 

目前,SynEcoSys®单细胞数据库已完成主要版本升级,满足更多数据分析挖掘需求。可登录网站www.synecosys.cn注册获得免费试用账号。

 

 

 

一、SynEcoSys®v1.1版本,新增亮点功能

 

 

1、 细胞互作分析

用户在SynEcoSys®中,能计算感兴趣的细胞类型和样本中配体和受体的表达水平,定位研究受配体的相互作用。细胞互作分析是肿瘤/疾病微环境和发育调控研究经典分析条目之一,可以检查肿瘤细胞、免疫细胞、基质细胞间的细胞通讯活动,揭示肿瘤微环境中耐药、转移、免疫逃逸等机制,也可以通过发育过程中细胞间互作信息,揭示不同发育时间点不同亚群的相互作用关系。

 

2、拟时序轨迹分析

用户在SynEcoSys®中,可构建感兴趣的细胞类型和样本中细胞间的变化轨迹,重塑细胞随着时间的变化过程,还可寻找高可变基因并观察其在拟时序中的表达变化。拟时序轨迹分析可以在单细胞分辨率验证细胞分化关系,也可以推断未知的细胞分化路径,挖掘分化过程中起调控作用的关键基因,在细胞分化发育方向和肿瘤/疾病微环境的免疫细胞动态变化中应用广泛。

 

3、 细胞亚型自动分析注释

用户在SynEcoSys®自动分析后,提供大类细胞类型自动注释、细胞细分亚群和免疫细胞亚型自动注释。自动注释提供最优细胞类型和其他参考,也可自定义命名。细胞亚型鉴定在单细胞测序技术中是一个非常重要的步骤。例如在肿瘤研究中,免疫细胞亚型的特异性通常与关键性结果相关,进而可深入探究肿瘤微环境的复杂性和异质性

 

4、目标基因和细胞类型Bulk RNA数据分布

用户在SynEcoSys®中,可从细胞系,组织和肿瘤层面,查看不同bulk RNA数据库中基因表达分布情况,横向比较目的基因单细胞测序和bulk RNA测序数据,挖掘基因在不同分析层级中的表达差异

 

二、SynEcoSys®深度数据挖掘平台——单细胞公共数据应用的一站式解决方案

 

1、首个临床转化单细胞数据库

SynEcoSys®将单细胞数据与临床表型关联,实现单细胞数据的临床转化应用,解决现阶段单细胞数据库缺乏临床信息的主要痛点。

 

 

2、标准化的数据分析和注释系统

SynEcoSys®完整标准化的数据过滤分析流程,标准化命名处理和统一的注释细分层级,决不同注释层级单细胞数据的跨来源比对和搜索难题

 

 

 

3、SynEcoSys®组织图谱-独家Cell Marker知识库

SynEcoSys®组织图谱涵盖人、小鼠、非人类灵长动物12大功能系统的50余种器官类型,收录大于4000个独家转录marker知识库,更便于操作和查找,助力数据挖掘和细胞注释。

 

 

4、核心数据集-热门疾病跨数据跨来源样本整合比对

SynEcoSys®预先整合热门疾病的大量临床样本数据,覆盖全面的临床疾病分期、分型、携带突变、全面的临床治疗方法、治疗反应等,实现跨来源样本直接比对。

 

 

 

5、关联组织和疾病的统计分布排名

SynEcoSys® Database-wise Distribution可查看基因和细胞类型在关联的组织类型,疾病/正常样本中的表达排名,并可比对单细胞测序和Bulk RNA测序数据,协助锁定研究方向。

 

 

6、数据自动分析注释和可视化数据浏览挖掘

SynEcoSys®配备CeleLens(Lite)自动分析注释工具和CeleViz®可视化工具,实现单细胞数据自动化分析、注释和可视化,助力单细胞数据探索和挖掘。

 

 

另外,我们重磅推出 New!CeleViz Browser!

 

全新CeleViz® Browser可视化分析软件,是探索新格元数据的得力小帮手。CeleViz® Browser适用于Windows和MacOS系统,简单的点击便可获得不同着色方式降维图、基因表达、细胞类型占比和组间差异基因等多种单细胞数据可视化结果。

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另外,SynEcoSys被添加在Human Cell Atlas data portal的Analysis Portals中啦!注册就现在,赶快行动吧!

 

 

如遇到任何问题,可发送邮件到sesinfo@singleronbio.com或添加SynEcoSys数据库小助手微信进行咨询,我们将第一时间为您解决问题。

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