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项目文章 | 晚期非小细胞肺癌肝转移灶的免疫抑制微环境引发免疫治疗的器官特异性响应
发布时间:2023-09-04 09:54:36  

2023年6月,南方医科大学附属广东省人民医院周清课题组在学术期刊Journal for ImmunoTherapy of Cancer上发表题为”Immune suppressive microenvironment in liver metastases contributes to organ-specific response of immunotherapy in advanced non-small cell lung cancer”的研究成果。研究对比了晚期非小细胞肺癌患者配对原发灶和肝转移灶,运用多种组学分析,揭示了两者间有限的基因组差异和肝转移灶免疫微环境中更低水平的免疫激活和免疫浸润水平,可为肝转移非小细胞肺癌的精准治疗提供思路。

新格元在该研究中提供了GEXSCOPE®单细胞转录组测序服务及单细胞测序数据分析服务等。

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研究背景

肝脏是肿瘤常见转移器官,且肝转移与非小细胞肺癌(NSCLC)免疫治疗疗效降低相关。最近有多项研究报道了原发灶与转移灶的免疫治疗存在器官特异性响应的情况。本研究运用多种组学的分析,致力于揭示NSCLC原发灶(PL)肝转移灶(LM)的差异并探索其潜在机制。

 

 

方法流程

研究纳入了27名晚期NSCLC患者的配对原发灶(PL)和肝转移灶(LM)样本,进行了全外显子测序、转录组测序、单细胞转录组测序和多重荧光免疫组化。其中,6名患者进行了全外显子测序,6名患者进行了转录组测序,1名患者进行了单细胞转录组测序,24名患者进行了多重荧光免疫组化。

图1:本研究纳入样本和分组流程示意图

 

 

研究结果

1.晚期NSCLC患者PL和LM对免疫治疗的局部响应存在差异

 

本文分析了52名接受免疫治疗的肝转移NSCLC患者的临床数据来分析器官特异性疗效差异。52名患者均有完整的影像学疗效评估数据。无论免疫单药治疗还是联合治疗,LM病灶的器官特异性客观缓解率和疾病控制率均低于PL病灶。值得注意的是,52名患者中有17名患者表现为混合疗效,其中15名患者均表现为LM病灶增大,且这部分患者的OS和PFS均显著低于PL和LM病灶均缩小的患者,提示在接受免疫治疗时,尽管PL病灶得到控制,但LM病灶局部控制不佳仍然提示较差的生存获益。

图2:晚期NSCLC患者的PL和LM对免疫治疗的器官特异性响应

 

2.WES揭示了配对PL和LM样本间有限的基因组异质性

 

研究人员对6名患者的配对PL和LM样本(肿瘤治疗状态相同的时间点取样)及外周血对照样本进行了全外显子测序(WES)来探索基因组水平的突变异质性。从整体遗传变异、CNV和SNV突变水平上看,PL和LM两组间并显著差异。另外,肿瘤突变负荷(TMB)和SNV和indel预测的新抗原数量也显示组间无显著性差异。进一步分析突变的异质性基因,也没有发现PL和LM之间显著不同的基因突变。以上WES分析结果均表明,配对PL和LM样本间的基因组异质性较低。

 

图3:NSCLC患者配对PL和LM的基因组景观

 

3.bulk RNA测序揭示PL比LM更富集促免疫信号通路

 

为评估 PL和LM之间的转录组异质性,研究人员对6对同时采样的配对PL和LM样本进行了bulk- RNA测序。差异基因分析共发现了571个差异基因,其中469个基因在PL组上调,102个基因在LM组上调,体现了肿瘤间的转录组异质性。对差异基因进行富集分析发现,LM上调基因主要与代谢酶功能相关,与肝脏组织常规生理功能相符合;而PL组则富集了免疫相关功能,其中与T细胞激活有关的基因CD8A、LCK和ICOS在PL组上调。对可影响免疫治疗疗效的基因集合进行GSEA分析发现,抗原呈递、NK细胞介导的细胞毒性和T细胞受体信号通路在PL组富集,可部分解释PL和LM免疫治疗响应的差异。反卷积免疫浸润分析发现,PL组的CD8+T细胞占比显著高于LM组。

图4:NSCLC患者转录组差异显示LM存在免疫抑制的肿瘤微环境

 

4.mIHC揭示PL的T细胞和NK细胞的肿瘤浸润比例高于LM

 

为进一步在蛋白质水平上确认PL和LM之间的免疫细胞浸润差异,研究人员对24对肿瘤样本的肿瘤实质区域和肿瘤基质区域进行了mIHC分析,并着重关注了肿瘤治疗状态相同的时间点取样的配对样本(Group A)。分析共纳入了5个蛋白marker (panCK、CD8A、CD56、CD68和HLA-DR),用于识别panCK+肿瘤细胞、CD8+T细胞、CD56dim+细胞毒性NK细胞、CD56bright+免疫调节NK细胞、CD68+HLA-DR+巨噬细胞(M1-like)和CD68+HLA-DR-巨噬细胞(M2-like)。通过分析免疫细胞的浸润比例发现,PL组CD8+、CD56+和CD68+细胞在实质和基质区域浸润趋势相似;而LM组实质区域主要免疫浸润细胞类型为CD56+细胞,基质区域则主要为CD68+细胞。进一步对比PL和LM组蛋白marker的密度和阳性细胞比例,发现在所有样本中仅有CD56+细胞在PL中显著高于LM组,而在排除治疗影响的Group A中则发现CD8+和CD56+细胞均在LM中显著降低,与转录组测序结果一致。

图5:mIHC显示NSCLC患者免疫浸润水平的差异

 

5.单细胞转录组测序揭示PL中有更多CD8Teff细胞浸润和更高的NK细胞毒性

 

为了验证转录组测序和mIHC中得到的结果,研究人员进一步对一名NSCLC患者的配对PL和LM新鲜肿瘤组织进行了单细胞测序,并着重研究了T和NK细胞在肿瘤免疫微环境中的差异。单细胞测序结果发现LM中有更多的Treg和CD8Tem,而PL则有更多CD8Teff和HelperT,与前文结果一致。对T和NK细胞进行GSEA富集分析同样发现了NK细胞介导的细胞毒性和T细胞受体信号通路在PL中显著上调。通过单细胞基因集合分析发现,各细胞亚群的T细胞激活水平都呈现为PL高于LM,且CD8Teff和干扰素相关T细胞亚群的T细胞激活水平最高。T细胞毒性水平也呈现组间差异,其中NK细胞、HelperT细胞、干扰素相关T细胞和增殖T细胞的毒性水平在PL组显著高于LM组,且NK细胞是所有亚群中细胞毒性水平最高的亚群。

为了进一步理解T和NK细胞在PL和LM组分布差异的机制,研究人员分别对PL和LM样本进行了细胞相互作用分析。分析显示,PL组有更多Teff招募相关的趋化因子表达,包括CCL23、CCL13、CCL18和CCL3;与此同时,与Treg招募相关的互作对CCL18_CCR8和SPP1_CCR8则在LM组更为显著。另外,LM组的T和NK细胞可以通过CLEC2D_ KLRB1和SIGLEC10_CD52互作对抑制T细胞激活与T细胞增殖。值得一提的是,与免疫治疗相关的PD-1/L1则仅在PL组的CDTeff细胞和巨噬细胞间有显著互相作用,可推测在PD-1/L1免疫治疗后LM的免疫微环境中的CD8Teff无法被恢复活性。综上,LM中存在更加抑制的免疫微环境,表现为更低的CD8+T细胞和NK细胞浸润水平和激活水平,以及他们受损的细胞毒性能力。

图6:单细胞测序显示T和NK细胞在配对PL和LM间的差异

 

 

结论

本研究使用严格配对的肿瘤样本来分析NSCLC患者PL和LM的器官特异性疗效和TME,排除了个体异质性的影响,揭示了在基因组、转录组和多个免疫标记蛋白水平上肝转移肿瘤对免疫检查点抑制剂(ICIs)的器官特异性疗效差异及其诱因机制,可为非小细胞肺癌肝转移患者精准治疗提供思路。

 

 

参考文献

Deng J Y, Gou Q, Yang L, et al. Immune suppressive microenvironment in liver metastases contributes to organ-specific response of immunotherapy in advanced non-small cell lung cancer[J]. Journal for Immunotherapy of Cancer, 2023, 11(7).

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