模式动物是现代生命科学研究发展的重要工具,被称为“活试剂”。兔子因其容易饲养,生长周期较短,寿命长以及较高的繁殖率,成为科研人员喜爱的实验动物。另一方面,单克隆抗体在生物医药领域有广泛应用,兔源的单克隆抗体因高亲和力、高特异性、识别更多抗原表位、更易人源化等优势,成为单克隆抗体筛选方法之一。
如何在单细胞水平上刻画兔免疫系统及其多样性,并用于兔模式动物免疫研究和单克隆抗体筛选?新格元推出高通量单细胞全长免疫组库试剂盒:sCircle® Single Cell Full Length BCR Library Kit(Rabbit),可在绘制单细胞图谱的基础上,获得兔单B细胞V(D)J全长序列。
基于新格元一站式单细胞平台,sCircle® Single Cell Full Length BCR Library Kit (Rabbit)高通量单细胞v(D)J全长(兔)测序方案,涵盖样本前处理到数据分析的全流程。得到单细胞悬液之后,在微孔芯片上分离细胞,并完成单个细胞的mRNA捕获,反转录和富集之后,分别构建单细胞转录组文库和免疫组文库。测序之后,使用新格元开源软件celescope(https://github.com/singleron-RD/CeleScope),即可得到兔单细胞转录组与免疫组下游分析数据。
一站式解决兔单细胞B细胞免疫组测序方案
与人/鼠源全长V(D)J测序方法一样,兔BCR全长部分采用巧妙的环化设计,首先将cDNA环化处理,将环化cDNA序列线性化,同时将序列中最为重要的V(D)J序列进行方向转化,富集之后获得全长V(D)J序列。
测序原理
我们用新西兰大白兔,采用新格元兔免疫组库试剂盒测试,单细胞转录组部分可捕获细胞总数达7871,在测序饱和度为41.58%的情况下,中值基因也可达到1000以上。结合兔免疫组数据,其中有V(D)J序列的B细胞数量为1368。
在测试数据中轻重链配对率(Cells With Productive V-J Spanning Pair)较高,满足研究者对克隆型的筛选。
单B细胞全长V(D)J测序保留了抗体重链和轻链的天然配对,有利于产生具有高亲和力、特异性和稳定性的单克隆抗体。应用高通量单细胞免疫组库测序,可以:
基础研究
兔子是兔形目的一员,在系统发育上与人类最接近,仅次于灵长类动物。在饲养、繁殖便利、成本效益和法律伦理便利方面,它比灵长类动物更容易接受作为实验室哺乳动物。此外,作为实验动物,兔子在与人类的系统发育相似性等方面也比小鼠或大鼠有优势,使其能够更好地在生物医学研究中模仿人类的生理特征。兔动物模型比小鼠更适合研究先天免疫系统基因。
单克隆抗体筛选
传统的单克隆抗体技术如杂交瘤技术的细胞融合效率低,而噬菌体展示技术则会导致重链和轻链的天然同源配对的丢失。通过单细胞测序从单兔B细胞中得到全长V(D)J系列,可进一步凸显兔单克隆抗体具有高亲和力、高特异性、高灵敏度,可识别更多新型表位,容易人源化等优势,兔单克隆抗体开发治疗用于抗体药物前景广阔。
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