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SCOPE-chip微流控芯片分析软件SCelLiVe®组织保存液和解离液FocuSCOPE®靶向高通量单细胞测序

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什么是CeleScope® ?

什么是CeleScope®?

CeleScope®是一款由新格元生物科技有限公司自主开发的,用于处理新格元单细胞系列产品测序数据的开源生信软件,应用于分析新格元各类单细胞测序数据的生物信息流程。可从二代测序下机的原始fastq数据开始处理,包含数据拆分、比对、定量、生成表达矩阵、分群等功能。随着一系列创新性单细胞试剂盒的推出,CeleScope®的分析功能也越来越丰富。截止到版本v1.14.1,已经集成单细胞转录组、免疫组库、转录动态、多样同测、单细胞靶向测序、糖基化等多种分析流程。

CeleScope®配置要求

  • • CeleScope®硬件需求:Linux服务器运行内存推荐64G,最小内存32G, 硬盘空间建议大于1TB.
  • • CeleScope®环境:conda (用于安装软件和环境管理),git (克隆 CeleScope 源代码).
  • • 在输入命令前先了解输出结果,规范目录管理并做好记录.
  • • 在安装完软件之后先用DEMO数据测试跑一下rna流程,确保依赖的环境均配置好.

CeleScope® 测试数据与脚本

同时,CeleScope®也在pip和gitee上有托管:

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