CeleScope^®软件安装

随着一系列创新性单细胞试剂盒的推出，CeleScope的分析功能也越来越丰富。截止到版本v1.13.0，已经集成单细胞转录组、免疫组库、转录动态、多样同测、单细胞靶向测序、糖基化等多种分析流程。

下面让我们一起安装CeleScope，这里我们以v1.14.1为例。

CeleScope 环境配置

1. 从Github上克隆CeleScope仓库

git clone https://github.com/singleron-RD/CeleScope.git


clone完成之后，看一下我们CeleScope源码结构：

cd CeleScope
tree  -L 1
.
|-- Dockerfile
|-- LICENSE
|-- MANIFEST.in
|-- README.md # 安装文档，安装时需要读的文档
|-- celescope
|-- celescope.yml
|-- conda_pkgs.txt
|-- data
|-- docs # 软件文档，在使用过程中，需要经常阅读的文件
|-- methods
|-- requirements.txt
|-- scripts
|-- setup.py
|-- tests
`-- wdl


2. 用conda 创建CeleScope环境

#  -n 后面是环境的名称，您可以取其他喜欢的名字
conda create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt # 最后这个文件里面是环境需要的软件
# 注意python和star版本


如果嫌conda太慢可以用mamba来提高速度，mamba也可以用来创建conda环境。

conda install mamba
mamba create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt


3. 安装 celescope

在用 pip install celescope 安装之前，请确认已经激活刚才创建的CeleScope的环境.

conda activate celescope
pip install celescope

如果这里的pip install celescope过程比较慢，也可以加上对应的镜像：

# 在中国可以给pip加上镜像来提速
which pip #  check pip version and environment 
pip install celescope   --default-timeout=100  -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple   # You can try other mirrors 


4.检查安装版本

软件安装完成之后，可以检查一下：

which celescope 
celescope --help

可以看到帮助信息：

usage: celescope [-h] [-v]
                 {rna,vdj,tag,dynaseq,snp,capture_virus,fusion,hla,capture_rna,citeseq,flv_CR,convert10X,flv_trust4,sweetseq,rna_virus,utils}
                 ...

CeleScope

positional arguments:
  {rna,vdj,tag,dynaseq,snp,capture_virus,fusion,hla,capture_rna,citeseq,flv_CR,convert10X,flv_trust4,sweetseq,rna_virus,utils}

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit

查看安装的celescope的版本

celescope  -v 
# 1.14.1我们使用的版本


5. 不同组学分析管线