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SCOPE-chip微流控芯片分析软件SCelLiVe®组织保存液和解离液FocuSCOPE®靶向高通量单细胞测序

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CeleScope®软件安装

随着一系列创新性单细胞试剂盒的推出,CeleScope的分析功能也越来越丰富。截止到版本v1.13.0,已经集成单细胞转录组、免疫组库、转录动态、多样同测、单细胞靶向测序、糖基化等多种分析流程。

下面让我们一起安装CeleScope,这里我们以v1.14.1为例。

 

CeleScope 环境配置

1. 从Github上克隆CeleScope仓库

git clone https://github.com/singleron-RD/CeleScope.git

clone完成之后,看一下我们CeleScope源码结构:

cd CeleScope
tree  -L 1
.
|-- Dockerfile
|-- LICENSE
|-- MANIFEST.in
|-- README.md # 安装文档,安装时需要读的文档
|-- celescope
|-- celescope.yml
|-- conda_pkgs.txt
|-- data
|-- docs # 软件文档,在使用过程中,需要经常阅读的文件
|-- methods
|-- requirements.txt
|-- scripts
|-- setup.py
|-- tests
`-- wdl

 

2. 用conda 创建CeleScope环境

#  -n 后面是环境的名称,您可以取其他喜欢的名字
conda create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt # 最后这个文件里面是环境需要的软件
# 注意python和star版本

如果嫌conda太慢可以用mamba来提高速度,mamba也可以用来创建conda环境。

conda install mamba
mamba create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt

 

3. 安装 celescope

在用 pip install celescope 安装之前,请确认已经激活刚才创建的CeleScope的环境.

conda activate celescope
pip install celescope

如果这里的pip install celescope过程比较慢,也可以加上对应的镜像:

# 在中国可以给pip加上镜像来提速
which pip #  check pip version and environment 
pip install celescope   --default-timeout=100  -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple   # You can try other mirrors 

 

4.检查安装版本

软件安装完成之后,可以检查一下:

which celescope 
celescope --help

可以看到帮助信息:

usage: celescope [-h] [-v]
                 {rna,vdj,tag,dynaseq,snp,capture_virus,fusion,hla,capture_rna,citeseq,flv_CR,convert10X,flv_trust4,sweetseq,rna_virus,utils}
                 ...

CeleScope

positional arguments:
  {rna,vdj,tag,dynaseq,snp,capture_virus,fusion,hla,capture_rna,citeseq,flv_CR,convert10X,flv_trust4,sweetseq,rna_virus,utils}

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit

查看安装的celescope的版本

celescope  -v 
# 1.14.1我们使用的版本

 

5. 不同组学分析管线

CeleScope可以分析新格元多种单细胞试剂盒产生的数据,在命令行上的区分主要是 multi_{assay},其中assays可以是如下试剂盒之一:

  • rna 用于分析新格元 GEXSCOPE®单细胞转录组试剂盒建库测序下机的单细胞(核)转录组数据.
  • vdj 用于分析新格元 GEXSCOPE®单细胞免疫组试剂盒建库测序下机的单细胞免疫组数据.
  • tag 用于分析单细胞多样同测试剂盒CLindex®产生的数据,可以分析单细胞转录组混样数据、单细胞免疫组混样数据.
  • dynaseq 用于分析新格元 DynaSCOPE®转录动态试剂盒建库测序的下机数据.
  • snp 用于分析新格元FocuSCOPE®单细胞肺癌靶向试剂盒建库测序的下机数据.
  • capture_virus 于分析新格元 FocuSCOPE®单细胞EBV病毒靶向试剂盒建库测序的下机数据。

 

运行 multi_{assay} -h可以查看响应的帮助文档

Note: multi_rna 可以分析单细胞转录组和单细胞核转录组测序数据。

multi_rna
usage: rna multi-samples [-h] --mapfile MAPFILE [--mod {sjm,shell}]
                         [--queue QUEUE] [--rm_files] [--steps_run STEPS_RUN]
                         [--outdir OUTDIR] [--thread THREAD] [--debug]
                         [--chemistry {auto,scopeV1,scopeV2.0.0,scopeV2.0.1,scopeV2.1.0,scopeV2.1.1,scopeV2.2.1,scopeV3.0.1,flv_rna,flv,customized}]
                         [--pattern PATTERN] [--whitelist WHITELIST]
                         [--linker LINKER] [--lowQual LOWQUAL]
                         [--lowNum LOWNUM] [--nopolyT] [--noLinker]
                         [--allowNoPolyT] [--allowNoLinker] [--output_R1]
                         [--gzip] [--adapter_fasta ADAPTER_FASTA]
                         [--minimum_length MINIMUM_LENGTH]
                         [--nextseq_trim NEXTSEQ_TRIM] [--overlap OVERLAP]
                         [--insert INSERT] [--cutadapt_param CUTADAPT_PARAM]
                         [--outFilterMatchNmin OUTFILTERMATCHNMIN]
                         [--out_unmapped] [--STAR_param STAR_PARAM]
                         [--outFilterMultimapNmax OUTFILTERMULTIMAPNMAX]
                         [--starMem STARMEM] [--gtf_type {exon,gene}]
                         [--featureCounts_param FEATURECOUNTS_PARAM]
                         [--expected_cell_num EXPECTED_CELL_NUM]
                         [--cell_calling_method {auto,EmptyDrops_CR}]
                         --genomeDir GENOMEDIR [--save_rds]

下次运行celescope之前只需要用conda activate celescope 来激活软件环境就可以使用celescope来分析新格元单细胞数据啦。

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