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DBiT-seq空间转录组解决方案

新格元DBiT-seq空间转录组解决方案,基于耶鲁大学樊荣教授团队的开创性技术,通过微流控确定性条形码(Deterministic Barcoding),专为临床样本库中常见的FFPE组织优化,深入解析转录组学、基因变异谱及多种非编码RNA等信息,最大化释放临床样本的科研价值。




技术流程

 

测试数据

小鼠脑矢状面FFPE样本--20µm芯片:

sample Mouse_Brain_FFPE
Raw Reads 365,762,864
In Tissue Spots 7,933
Mean Used Reads per Spot 21,853
Median UMI per Spot 14,199
Median Genes per Spot 3,476

 

 

小鼠脑,细胞聚类和细胞类型注释:

 

 

小鼠脑部分特异mRNA 空间表达:

 

 

小鼠脑非编码RNA检测:





收样指南

样本类型 送样量/样 保存条件 组织面积 运输条件 测序类型和数据量
FFPE 蜡块 1块 密封后,4℃保存 组织长、宽均小于4mm;若大于4mm,需告知检测区域(根据HE染色或白片组织划分确定) 冰袋运输 PE150,100G/样本

注:由于我司采用的是非标准尺寸载玻片,客户可将蜡块寄送至公司,由我司人员进行切片和贴片;或客户拿到我司提供的玻片之后,按照手册自行贴片。

 

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