单细胞全长免疫受体测序

技术背景简介

单细胞全长免疫受体测序，基于Singleron单细胞平台，利用 GEXSCOPE^®微流控芯片捕获单细胞，并将获得的一部分cDNA经过片段化、连接接头等步骤后构建适用于 illumina 测序平台的测序文库。剩下的部分cDNA进行免疫受体全长富集，富集产物经过片段化、连接接头等步骤构建适用于 illumina 测序平台的测序文库。在单细胞水平同时检测转录组基因表达和免疫组库多样性，不但可以了解TCR和BCR克隆型，还可以联合转录组数据深入挖掘免疫机理，为免疫组学研究提供更高效的工具。目前免疫组库测序已广泛应用于肿瘤治疗、抗体研发、自身免疫性疾病、移植和免疫重建和用药及疫苗评估等多个领域。

 

技术流程

 

服务优势

1.实现单细胞层面的免疫受体测序，捕获V（D）J全长信息；

2.同时捕获单个细胞TCR（BCR）的α链（重链）和β链（轻链）的配对信息；

3.基于3‘捕获+cDNA环化处理，更高效地获取配对的转录组和免疫受体信息。

 

样本要求

 

应用方向

 

结果展示

TOP N 克隆型展示

 

细胞克隆信息展示

 

Clonotypes占比图

 

Clonotypes多样性

 

Clonotypes相似性

 

V基因和J基因占比统计

 

VJ基因组装频率展示

 

样本间克隆型的动态变化

 

样本中不同细胞类型共享的克隆型展示

 

分析条目

单细胞全长免疫受体测序服务系列的分析内容，除单细胞转录组测序的分析条目外，还包括以下分析条目。具体分析条目，以项目合同为准。

 

FAQ

1、新格元免疫组库测序技术的特点是什么？

答：不同于市面上传统的5 ’捕获技术，新格元独创使用3’捕获+cDNA环化处理流程，更高效地获取配对的转录组和免疫受体信息；

2、单细胞免疫组库推荐的测序数据量是？

答：VDJ一般为一个细胞 5k reads，约10~20g/单样本；

3、是否有数据库可以根据 TCR/BCR序列信息知道识别是什么抗原？

答：可以进行抗原表位预测，参考网址 http://www.iedb.org/home_v3.php；

4、细胞中检测出多条α、β链，分析时怎么处理？

答：先选择 productive的contig，然后保留reads支持数目较高的。做这步处理是因为原则上细胞只有一条α、β链(某些特殊情况下有文献报道细胞有两条，这种情况我们不做考虑)，所以我们每个细胞仅保留一挑可靠性较高的α、β。