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单细胞转录组测序单细胞核转录组测序免疫受体测序生信分析

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从纷繁复杂的单细胞数据中发掘出关键信息是单细胞研究的重中之重,标准的生信分析流程不足以发现数据中的全部重要信息。新格元生信分析团队不仅可以为客户提供标准化的分析内容、经过严格测试和评估的高级分析内容,还可以结合客户项目需求,提供全方位的个性化定制分析服务。

服务流程

生信分析

案例展示
上海交通大学附属第六人民医院-骨癌项目
 
01

步骤:多样本联合整合分群、注释

目的:看样本中细胞类型分布、找重点研究的细胞类型

  • 整合分群注释
  • 样本间细胞类型占比
  • 细胞类型marker基因分布
02

步骤:骨细胞细分亚群、亚群间找差异基因做通路富集分析

目的:找骨细胞亚群的功能/表型

  • 恶性细胞细分亚群
  • 成骨细胞和软骨细胞marker
  • 成骨细胞亚群间GSEA通路富集情况
  • 软骨细胞亚群间GSEA通路富集情况
  • 成骨细胞亚群间差异基因
03

步骤:破骨细胞细分亚型后做轨迹分析

目的:破骨细胞亚群间细胞转化

  • 破骨细胞细分亚型、亚型间做分化轨迹和拟时序
  • GO功能基因集和转录因子在拟时间上的表达变化
04

步骤:肿瘤细胞细分亚型、亚型cnv分析

目的: 将肿瘤细胞亚型的cnv与肿瘤表型挂钩

  • 每个病人的cnv克隆型进化树
  • 比较复发和原发样本cnv进化树每个分支上成骨和软骨细胞的占比
  • 复发和原发样本cnv对比
05

步骤:MSC和CAF细胞细分亚型、原发&肺转移&复发组间比对

目的:找与转移相关的细胞亚型

  • 破骨细胞细分亚型、亚型间做分化轨迹和拟时序
  • GO功能基因集和转录因子在拟时间上的表达变化
06

步骤:髓细胞细分亚型、原发&转移&复发组间比对、亚型间找差异基因看通路富集

目的:找与转移&复发表型相关的髓细胞亚型

  • 髓细胞细分亚群
  • 髓细胞亚群在不同表型中占比
  • 髓细胞各亚群中富集的GSEA通路 M1活化M2活化IFN gamma通路在不同巨噬细胞中的 富集情况比较(GSVA)
07

步骤:肿瘤浸润淋巴细胞细分亚型、原发&转移&复发组间比对、亚型间找差异基因看通路富集

目的:找T细胞功能亚型的活动与与表型的关联

  • 肿瘤浸润淋巴细胞细分亚型
  • 细胞毒性T、耗竭T、调节T、幼稚T、共刺激T细胞 功能基因集在各亚群中富集情况
  • 耗竭Tmarker tSNE
  • 阻断TIGIT功能,不同病人CD3+T介导的细胞毒性活动 对treatment反应程度不同
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