中通量单细胞转录组测序

技术背景简介

单细胞测序在临床科研中带来了革命性进展，海量单细胞测序技术捕获的是3’mRNA或5’mRNA，对细胞输入量也有一定要求，针对某些特殊或者细胞量少的单细胞测序场景需要中通量的解决方案。

 

新格元AccuraCell™中通量单细胞转录组测序技术解决了因细胞数少而无法进行高通量测序的难题，且可覆盖全长转录本，除分析不同细胞间差异基因表达之外，还能深入检测到细胞内融合基因，可变剪切，基因位点突变等生物信息。

 

技术流程

 

 

服务优势

1.模板起始量低：少量细胞、低输入量的RNA；

2.转录本覆盖度高：测序结果获得全长转录本信息，无3’和5’偏好性，产物完整度高；

3.检测灵敏度高：增加了低表达基因的检出量，帮助发现新的细胞亚群；

4.探索转录调控机制：用于检测可变剪切，在转录本层面进行SNP和突变分析，助力新的生物标志物鉴定以及新疗法的开发。

 

 

样本要求

样本类型及送样要求：

组织、血液、培养的细胞系，制备好的单细胞悬液（组织需要解离成单细胞，要求是新鲜的组织，没有经过冷冻、固定等处理）。获得高活性单细胞悬液后，需要将细胞通过人工挑选或流式分选等方法分到含有细胞裂解液的96孔板中，稍离心，-80℃保存，干冰运输。样本一旦放在-80℃或干冰冻存之后，不能反复化冻，缩短中间的转移时间，保持在低温条件下操作。

 

 

应用方向

绘制高分辨率的表达图谱：

将中通量和高通量单细胞测序平台结合，实现了对细胞的更高精准度的转录本覆盖，得到高分辨率的单细胞表达图谱，可以帮助发现新的细胞亚群。

早期胚胎发育：

胚胎发育早期的细胞群体数量极其有限，中通量单细胞测序技术可以借助有限的细胞分析胚胎发育过程中的不同阶段的基因表达的差异，构建发育谱系。

单细胞可变剪切助力发病机制解析：

对单细胞全长转录组进行可变剪切分析，对比疾病组与正常组或不同进展时期的单细胞可变剪切，多维度解析疾病发生进展机制。

肿瘤恶化机制研究：

在肿瘤发展的过程中，对恶化前后的肿瘤细胞进行中通量单细胞测序，鉴定肿瘤异质性细胞群，挖掘新的生物标志物；此外可获得两者之间可变剪切的区别，异常可变剪切发生的基因集可能在肿瘤发展中起着关键作用。

 

 

结果展示

（1）细胞注释

 

（2）通路分析

（3）蛋白互作网络分析

 

（4）转录因子分析

 

（5）可变剪切分析

 

（6）变异分析

 

 

分析条目

 

 

FAQ

1、AccuraCell™中通量单细胞转录组推荐测序量是多少？

答：默认测2G。

2、如何添加单个细胞至96孔板中？

答：目前有多种方法，一是流式分选，二是口吸管，三是稀释法，另外其他的可以挑到单个细胞的方法也都可以。

3、对于分选后的细胞，常规海量单细胞转录组测序阳性细胞检出率比较低，这种情况是否可以用AccuraCell™中通量单细胞转录组测序来改善阳性检出率？

答：如果是因为基因检出太少导致，可以改善，因为低通量的基因检出更高。但有些目标蛋白高而对应的转录本不一定高，这部分需要单细胞转录组测序结合cite-seq来进行区分。

4、相比于高通量单细胞转录组测序的优势有哪些？

答：可以对细胞数量少的样本进行测序，对细胞大小没有限制；获得全长转录本信息，可分析融合基因，可变剪切，基因突变信息；基因检测灵敏度高等。

5、AccuraCell™中通量单细胞转录组测测序与Smart-seq的原理一样吗？

答：基本原理是一样的。